เปลือกและใบของลองกองมีสารต้านอนุมูลอิสระสูง ทำให้เชื่อกันว่ามีประโยชน์ต่อสุขภาพในหลากหลายด้าน แต่พืชชนิดนี้มีการปลูกและค้าขายแพร่หลายในทวีปเอเชียตะวันออกเฉียงใต้เรา ไม่ค่อยเป็นที่รู้จักในทวีปอื่น เพราะเน่าเสียง่าย การส่งออกมีต้นทุนสูง จึงมีข้อมูลการศึกษาทางวิทยาศาสตร์เกี่ยวกับผลไม้ชนิดนี้ค่อนข้างจำกัด ประโยชน์ทางสุขภาพของลองกองที่มีการพิสูจน์ให้เห็นบ้าง มีดังนี้
อุดมด้วยสารต้านอนุมูลอิสระ อนุมูลอิสระถือเป็นภัยร้ายที่อาจสร้างความเสียหายต่อเซลล์ต่าง ๆ ในร่างกาย ก่อให้เกิดโรคร้ายแรงตามมา เช่น โรคหลอดเลือดหัวใจ มะเร็งบางชนิด รวมทั้งเร่งให้เกิดโรคที่มีสาเหตุมาจากความเสื่อมสภาพของเซลล์อย่างต้อกระจกหรือจอประสาทตาเสื่อม ผลการวิจัยชิ้นหนึ่งชี้ว่าสารสกัดจากเปลือกลองกองมีสารต้านอนุมูลอิสระประเภทฟีนอลิกซึ่งมีคุณสมบัติช่วยป้องกันเซลล์ดีเอ็นเอจากการถูกทำลายหรือเกิดความเสียหาย
เช่นเดียวกับงานวิจัยอีกชิ้นหนึ่งที่ทดสอบคุณสมบัติในด้านเดียวกันนี้ แต่ใช้สารสกัดหยาบจากใบลองกองหยดลงบนเซลล์ผิวหนังของคนในหลอดทดลอง ผลลัพธ์ปรากฏว่าค่าอนุมูลอิสระในเซลล์ผิวหนังลดลง ทำให้คาดว่าสารดังกล่าวมีฤทธิ์ต้านอนุมูลอิสระเช่นเดียวกัน สารสกัดจากลองกองจึงอาจนำมาใช้ประโยชน์ในด้านการบำรุงและยับยั้งความเสื่อมสภาพของผิวได้ อย่างไรก็ตาม งานวิจัยเหล่านี้ล้วนทำในห้องทดลอง จึงไม่อาจยืนยันผลลัพธ์เมื่อนำมาใช้กับผิวหนังของคนโดยตรงได้ ซึ่งยังคงต้องมีการศึกษาเพิ่มเติมอีกมาก
ต้านมะเร็ง ลองกองเป็นผลไม้อีกชนิดที่กล่าวกันว่ามีประโยชน์ในการยับยั้งโรคร้ายอย่างมะเร็ง งานวิจัยชิ้นหนึ่งชี้ให้เห็นว่าสารสกัดจากผลดิบของลองกองมีคุณสมบัติยับยั้งการเจริญเติบโตและฆ่าเซลล์มะเร็ง แต่หลักฐานดังกล่าวยังไม่เพียงพอที่จะยืนยันประสิทธิภาพในฐานะยาต้านมะเร็งของสารสกัดลองกอง เนื่องจากเป็นการทดลองกับเซลล์มะเร็งภายนอกร่างกายมนุษย์ ไม่ได้ทดลองกับคนโดยตรง จึงไม่ควรสรรหาสารสกัดลองกองมารับประทานโดยไม่ปรึกษาแพทย์ก่อน และไม่ควรรับประทานลองกองดิบโดยเด็ดขาด เนื่องจากเสี่ยงก่อให้เกิดอันตรายได้
รักษาโรคมาลาเรีย โรคติดเชื้อปรสิตที่มียุงก้นปล่องเป็นพาหะและคร่าชีวิตคนไทยในอัตราสูงอย่างมาลาเรียนั้นถูกจับตาและให้การตระหนักจากสาธารณสุข โดยมีการพยายามศึกษาค้นคว้ายาเพื่อต้านโรคนี้ ซึ่งไม่แน่ว่าสารสกัดจากลองกองอาจเป็นหนึ่งในตัวยาที่ใช้ต่อต้านโรคนี้ได้ เนื่องจากมีงานวิจัยบางชิ้นที่ทดลองในห้องปฏิบัติการ พบว่าสารสกัดจากเมล็ดลองกอง รวมถึงใบและเปลือกของต้นลองกอง มีฤทธิ์ต่อต้านและลดจำนวนปรสิตที่เป็นสาเหตุของโรค นอกจากนั้นยังพบว่าสารสกัดจากผิวของลองกองจะไปขัดขวางวงจรชีวิตของปรสิตดังกล่าวและส่งผลให้เชื้อลดจำนวนลง
แม้ลองกองจะเป็นวัตถุดิบจากธรรมชาติอีกชนิดหนึ่งที่อาจนำไปศึกษาต่อยอดในด้านการผลิตเป็นยาต้านเชื้อมาลาเรีย แต่งานวิจัยชิ้นนี้ก็ไม่เพียงพอที่จะยืนยันประสิทธิภาพของลองกอง เพราะเป็นการทดสอบในห้องทดลองและใช้เชื้อปรสิตเพียงชนิดเดียว ยังมีเชื้อปรสิตอีกหลายชนิดที่ก่อให้เกิดโรคมาลาเรียได้ จึงต้องมีการศึกษาเพิ่มเติมอีกมาก รวมถึงการทดสอบกับคนโดยตรงเพื่อยืนยันสรรพคุณข้อนี้ของลองกองได้อย่างมั่นใจก่อนนำมาใช้ได้จริง